L’île de Bagaud est un site littoral soustrait à l’impact anthropique direct grâce à son statut de réserve intégrale de parc national. Elle fait aussi partie du réseau européen Natura 2000 grâce à la zone de protection spéciale (ZPS) « Îles d’Hyères » (Directive Oiseaux) et à la zone spéciale de conservation (ZSC) « Rade d’Hyères » (Directive Habitat Faune Flore).

Dans le cadre d’un programme décennal (2009-2019) alliant restauration écologique à grande échelle et suivis globaux de la biodiversité (végétation, arthropodes, vertébrés), des opérations d’éradication d’espèces exotiques envahissantes préjudiciables pour les espèces patrimoniales identifiées sur site ont été mises en place. Ces actions d’éradication visent deux espèces : le rat noir (Rattus rattus) et les « griffes de sorcière » (Carpobrotus spp.). Le rat noir, introduit dans le bassin méditerranéen il y a près de 2000 ans, participerait entre autres au déclin des populations méditerranéennes déjà menacées du puffin yelkouan (Puffinus yelkouan), un oiseau marin nicheur sur l’île. Les griffes de sorcière sont des espèces végétales originaires d’Afrique méridionale qui, depuis leur introduction sur l’île ont une dynamique de prolifération très importante, participant à une uniformisation des milieux et pouvant se révéler problématique pour la survie de populations d’espèces patrimoniales.

Ce programme de restauration écologique a débuté en 2010 et s’est poursuivi pendant 9 années par le suivi des groupes taxonomiques cibles avant, pendant et après les opérations d’éradications puis par le biocontrôle des espèces exotiques envahissantes. Ce Contrat Natura 2000 a permis de participer à ce programme en ciblant les actions d’éradication et de contrôle des espèces exotiques envahissantes.

Plus précisément ce contrat a permis l’éradication d’environ 2 ha de griffes de sorcière en milieu accessible et en zone de falaise (travaux sur cordes), et de poursuivre le contrôle des populations de rats sur environ 58 ha. Les objectifs visés par rapport aux enjeux Natura 2000 sont à moyen et long terme d’assurer le maintien dans un état de conservation favorable des habitats littoraux d’intérêt communautaires et de préserver les espèces menacées par la présence du rat noir comme les Puffins yelkouan et Puffin de Scopoli, l’Engoulevent d’Europe ou encore le Pyllodactyle d'Europe.