Le Conseil d'administration  (43 membres) 

Instance de débats et d'échanges, il valide la politique de l’établissement, contrôle et approuve le budget. Il se réunit deux à trois fois par an. Ses membres sont des élus, des représentants des administrations et du monde associatif, des socioprofessionnels, des personnalités qualifiées, nommés par le Ministre en charge de l'environnement.

Le bureau

Le conseil d’administration désigne un bureau qui l’assiste dans ses missions, notamment dans la mise en œuvre de la politique dans l’aire d’adhésion.

Le Conseil scientifique (29 membres) 

Le conseil scientifique du Parc national est une instance consultative chargée d’assister le conseil d’administration et la direction de l’établissement pour toutes les questions relatives à la connaissance, la conservation, la gestion, l’aménagement et la mise en valeur du patrimoine naturel, culturel et paysager du parc national. De plus, il est également appelé à porter des avis sur les projets dans les cœurs du parc national. Il est composé de scientifiques ou experts choisis dans le domaine des sciences naturelles et humaines (botanistes, géologues, géographes, architectes, sociologues, ethnologues, économistes) et nommés pour une période de 6 ans.

Le Conseil économique, social et culturel (74 membres) 

Le conseil économique, social et culturel assiste le conseil d’administration et la Direction du Parc national  notamment, en matière de politique contractuelle, de suivi et de mise en œuvre de la charte du territoire et d’animation de la vie locale.

Il est composé de représentants d’organismes d’associations et de personnalités qui participent à l’activité économique, sociale et culturelle dans le Parc national ainsi que des représentants des habitants et des usagers du Parc national (résidents, commerçants, pécheurs, guides...)